Հայ դպրոցի պատմության մեջ առանձնահատուկ նշանակություն է ունեցել Ս․ Էջմիածնի Գևորգյան հոգևոր ճեմարանը: Այն կարևոր դեր է ունեցել հայ հոգևոր, մշակութային և գիտակրթական կյանքի առաջընթացի գործում։ Մինչ Երևանի պետական համալսարանի հիմնադրումը` ճեմարանը հայ իրականության միակ բարձրագույն ուսումնական հաստատությունն էր, որի լուսավոր հարկի ներքո կրթվել են ազգային-եկեղեցական, մշակութային և քաղաքական բազում գործիչներ:
Գևորգյան հոգևոր ճեմարանի հիմնադրման հարցը հասունացել էր վաղուց: Դեռևս ԺԸ դարի կեսերին այդ մասին բազմիցս շեշտել են Ստ. Նազարյանը, Մ. Նալբանդյանը, Ս. Շահազիզը, Րաֆֆին և ուրիշներ: Այդ կարևոր գործը հնարավոր եղավ իրականացնել Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գևորգ Դ Կոստանդնուպոլսեցու (1866-1882 թթ.) օրոք:
Կաթողիկոս ընտրվելուց հետո Գևորգ Դ-ի առաջին քայլը եղավ կրթական գործի կազմակերպումը: 1867 թ. հունիսի 14-ի հրահանգով նա ստեղծեց Ուսումնական հանձնաժողով, որին հանձնարարված էր թեմերում դպրոցներ բացել: Օգտվելով «Պոլոժենիե»-ի ընձեռած հնարավորությունից՝ Կաթողիկոսը, բացի թեմական դպրոցներից, գյուղերում և քաղաքներում բացեց հարյուրավոր ծխական դպրոցներ: Ավելի ուշ (1875 թ.) սահմանեց թեմական տեսուչների պաշտոնը, որոնց հրահանգված էր ապահովել դպրոցների անխափան գործունեությունը:
Հայկական դպրոցները և Եկեղեցին ուսյալ, զարգացած ուսուցիչներով ու եկեղեցականներով ապահովելու կարևոր նպատակին հասնելու համար անհրաժեշտ էր ստեղծել հոգևոր բարձրագույն ուսումնական հաստատություն: Դեռևս 1866 թ., Սանկտ Պետերբուրգում Ալեքսանդր Բ կայսեր հետ հանդիպման ժամանակ նորընտիր Կաթողիկոսը խոսել էր ճեմարանի հիմնադրման անհրաժեշտության մասին և ստացել կայսեր հավանությունը: Պայմանավորվածություն էր ձեռք բերվել նաև Ներքին գործոց և Լուսավորության նախարարությունների, Կովկասի փոխարքայի գրասենյակի համապատասխան բաժինների հետ: Լուսավորության նախարարության պահանջով 1869 թ. մշակվել և կայսերական հաստատման էր ուղարկվել ճեմարանի կանոնադրությունը, որի համաձայն նոր ուսումնական հաստատությունը պետք է լիներ վեցամյա՝ նման թեմական դպրոցներին: Սակայն Լուսավորության նախարարության փորձագետները կանոնադրությունը մանրամասն ուսումնասիրելուց հետո մի շարք լուրջ փոփոխություններ էին կատարել: Ճեմարանում ուսուցման տևողությունը պետք է լիներ իննամյա, որից վեցը՝ դպրոցական, երեքը՝ լսարանական բաժիններում: Այսինքն՝ ճեմարանին տրվելու էր բարձրագույն ուսումնական հաստատության կարգավիճակ: Ի վերջո, 1874 թ. հոկտեմբերի 1-ին, ճեմարանի կանոնադրությունը հաստատվեց Ալեքսանդր Բ-ի կողմից: Ճեմարանում ուսուցումն ընթանալու էր հիմնականում գրաբարով:
Բացման հարցը վճռելուց հետո կարևոր էր կառուցման վայրի ընտրությունը: Քննարկումները հիմնականում Թիֆլիսում կամ Ռուսաստանի հայաշատ որևէ քաղաքում բացելու շուրջ էին, սակայն Գևորգ Դ Կաթողիկոսը ճեմարանի հիմնադրման տեղի հարցում չափազանց վճռական ու կտրուկ էր: Նրա կարծիքով ճեմարանը պետք է Մայր Աթոռի հարևանությամբ և հովանու ներքո կառուցվեր: Ճեմարանի շենքի շինարարությունն իրականացնելու համար Կ. Պոլսից հրավիրվեց ճարտարապետ Հարություն Աբգարյանը, որ 1869 թ. գարնանը Վեհափառին ներկայացրեց ապագա կրթօջախի հատակագիծը:
1869 թ. մայիսի 28-ին՝ Գևորգ Դ Կաթողիկոսի օծման երկրորդ տարեդարձին, մեծ շուքով և հանդիսավորությամբ տեղի ունեցավ շենքի հիմնարկեքը: Ս․ Պատարագից հետո եկեղեցական թափորը Ս․ Թարգմանչաց շարականի երգեցողությամբ Մայր Տաճարից ուղղվեց հյուսիս-արևելք: Տաճարից շուրջ 600 քայլ հեռավորության վրա մեծաթիվ հանդիսականների, Երևանից և Թիֆլիսից ժամանած հարյուրավոր ուխտավորների, հոգևոր հայրերի ներկայությամբ Վեհափառ Հայրապետն իր ձեռքով դրեց շենքի հյուսիսարևմտյան անկյունի առաջին հիմնաքարը՝ ասելով. «Զգործս ձեռաց մերոց ուղիղ արա ի մեզ, Տէ՛ր, և զգործս ձեռաց մերոց յաջողեա մեզ»: Հիմնարկեքն ուղեկցվում էր հրացանային համազարկերով, զինվորական փողային նվագախմբի և ազգային նվագարանների կատարումներով: Ելույթ ունեցան Ղ. Աղայանը, Գր. Մաթևոսյանը, Կ. Ֆոյաջյանը, իսկ ուղերձով հանդես եկավ Փիլիպպոս Նավասարդյանը:
Ճեմարանի շենքի շինարարությունը տարբեր պատճառներով ձգձգվեց մինչև 1874 թ. կեսերը: Նույն թվականի ամռանը տեղի ունեցավ աշակերտների հավաք և ընտրություն: Կատարված ընտրության արդյունքում ընտրվեցին 59 սաներ՝ հետևյալ պահանջներով.
ՀՐԱՀԱՆԳ
ՍԱԿՍ ԸՆՏՐԵԼԻ ԱՇԱԿԵՐՏԱՑ
ՃԵՄԱՐԱՆԻ Ս. ԷՋՄԻԱԾՆԻ
Որք պարտին լինել 14-16-ամեայք:
Հակամէտ լիցին ի կղերականութիւն՝ սակս պատրաստելոյ զանձինս իւրեանց ի կուսակրօն պաշտօնեայս Եկեղեցւոյ Հայաստանեայց:
Իցեն որբք և որդիք աղքատ ծնողաց՝ առողջակազմք, փափկաձայնք, ուշիմք, վկայեալք ի բարի վարս, ո՛չ ապուշք կամ ծոյլք և անընդունակք ուսմանց և ո՛չ խեղանդամք:
Ունիցին վկայական ծննդեան և մկրտութեան, և վկայագիր ի բժշկէ վասն պատուաստի ծաղկին և առողջ կազմուածոյն, ևս ազատ լիցին ի ցեղական ախտակրութենէ:
Գիտասցեն գոնէ
ա) զԱռաջին մասն հայ քերականութեան,
բ) զՀամառոտ քրիստոնէական վարդապետութիւն և զպատմութիւն Հին և Նոր Կտակարանաց,
գ) զԳաղիարէն,
դ) զՀամառօտ ազգային պատմութիւն,
ե) զՀամառօտ ընդհանուր պատմութիւն,
զ) զՀամառօտ աշխարհագրութիւն,
է) զԱ մասն թուաբանութեան:
Եթէ աշակերտքն իցեն անհամաձայն պահանջեալ վերոյիշեալ պայմանաց, անմիջապէս վերադառնան ուստի եկին:
1874 թ. սեպտեմբերի 28-ին՝ Ս. Գևորգ Զորավարի տոնին, որը նաև Գևորգ Դ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի անվանակոչության օրն էր, տեղի ունեցավ ճեմարանի բացման հանդիսավոր արարողությունը: Ճեմարանական պարապմունքներն սկսվեցին սեպտեմբերի 30-ին: Անկասկած, ճեմարանի անվանումն ուղղակի աղերս ունի Ս. Գևորգ Զորավարի անվան հետ: Գևորգ Դ Կաթողիկոսը բոլոր փաստաթղթերում հաստատությունն անվանում էր Ժառանգավորաց հոգևոր ճեմարան Սուրբ Գևորգյան, Հոգևոր ճեմարան կամ ուղղակի՝ Ճեմարան: Հետագայում, ինչպես գրում է Մաղաքիա արք․ Օրմանյանը․ «Հասարակության բերանը Գևորգյան ճեմարան անունը տիրեց»:
1869-1882 թթ. գրագրություններում, թղթակցություններում և պաշտոնական փաստաթղթերում ճեմարանը մերթ անվանվել է Ս. Էջմիածնի ուսումնարան, մերթ Մայր Աթոռի ուսումնարան, երբեմն էլ՝ Ճեմարան Ս. Էջմիածնի: Գևորգ Դ Կաթողիկոսի մահվանից հետո աստիճանաբար փոխարինվեց Գևորգյան ճեմարան արտահայտությամբ:
1875 թ. հունիսի 10-ի կոնդակով, Գևորգ Դ Կաթողիկոսը ճեմարանի առաջին տեսուչ է նշանակել կրթական գործի փորձառու կազմակերպիչ, հայտնի հայագետ Գաբրիել եպիսկոպոս Այվազովսկուն (Այվազյան, 1875-1878 թթ.): Մինչ նրա Ս․ Էջմիածին ժամանելը, տեսչի ժամանակավոր պաշտոնակատար է նշանակվում Սուքիաս վարդապետ Պարզյանցը. նրա գլխավորությամբ էլ սկսվում են ճեմարանի անդրանիկ պարապմունքները: Առաջին ուսումնական տարվա առաջին կիսամյակում ուսուցիչներն ընդամենը հինգն էին՝ Հովհաննես վարդապետ Երեմյան (Կրոնագիտություն), Սուքիաս վարդապետ Պարզյանց (Հայոց լեզու), Արիստակես վարդապետ Սեդրակյան (Հայ ժողովրդի պատմություն և Հայաստանի աշխարհագրություն), Գևորգ վարդապետ Սուրենյանց (Ռուսաստանի պատմություն և աշխարհագրություն), Պողոս Ճեպեճյան (Երգեցողություն): Ճեմարանի բացումից հազիվ երեք շաբաթ անց՝ հոկտեմբերի 24-ին, անսպասելի բռնկված հրդեհը վնասում է շենքի մեծ մասը: Վեհափառ Հայրապետի անմիջական ջանքերի շնորհիվ 1875 թ. հունիսի 10-ին աշակերտներն իրենց պարապմունքները սկսում են վերանորոգված և վերակահավորված նոր դասասենյակներում: 1876 թ. հունիս և սեպտեմբեր ամիսների քննություններն ապացուցեցին, որ ճեմարանը մեկ տարվա ընթացքում զգալի հաջողությունների է հասել, և սաները մեծ սիրով ու պատասխանատվությամբ են ձեռնամուխ եղել ուսումնառությանը՝ գրանցելով առաջին գոհացուցիչ արդյունքները:
Ուսումնական պարապմունքներին զուգընթաց շարունակվում էին նաև ճեմարանի ընդարձակման, սաների կենցաղային և ուսումնական պայմանների բարելավման աշխատանքները: 1876 թ. կառուցվեցին ճեմարանի հիվանդանոցն ու դեղատունը: 1879 թ. սկսվեց ննջարանային համալիրի, սեղանատան, լվացքատան, բաղնիքի, կառատան և օժանդակ այլ կառույցների շինարարությունը: Ստեղծված լավագույն պայմանները հնարավորություն էին ընձեռում՝ գիշերօթիկ ճեմարանում կրթելու շուրջ 200 սաների:
1878 թ. հուլիսին, Գաբրիել արք․ Այվազովսկին ազատվեց տեսչի պաշտոնից, որին փոխարինեց Անդրեաս արքեպիսկոպոս Անդրեասյանը (1878-1881 թթ.): Ճեմարան հրավիրվեցին ուսուցչական կարող նոր ուժեր՝ Խորեն վարդապետ Ստեփանեն, Վահան վարդապետ Բաստամյանցը, Վարդան Աբովյանը, Կարապետ Կոստանյանցը, Մկրտիչ Պալյանը և այլք: Այսուհանդերձ, զգալի էր հայագիտական և աստվածաբանական առարկաների հմուտ մասնագետների պակասը:
1881 թ. ճեմարան տեսչության հրավիրվեց հայտնի մանկավարժ, Ներսիսյան դպրոցի երբեմնի տեսուչ, մաթեմատիկոս Արշակ Նահապետյանը (1881-1884 թթ., 1886-1891 թթ.): Նա ճեմարան եկավ համախոհ մտավորականների խմբով՝ Սեդրակ Մանդիրյան, Ստեփանոս Պալասանյան, Փիլիպպոս Վարդանյան, Սարգիս Գաբրիելյան և այլք: Այս համալրումն ամբողջովին փոխեց իրավիճակը: Դրական փոփոխություններն անմիջապես զգալի դարձան: 1882 թ. ճեմարանն արդեն ուներ 336 աշակերտ, իսկ ընդունվել ցանկացողների թիվն անհամեմատ մեծ էր:
Գևորգյան ճեմարանն իր առաջին շրջանավարտները պետք է տար 1882-1883 թթ․ ուստարում: Վեհափառի համար մեծ մտահոգություն էր այն փաստը, որ սաներից որևէ մեկը ցանկություն չէր հայտնել կուսակրոն հոգևորական դառնալ։ Նորին Սրբությունն ի Տեր հանգեց 1882 թ. դեկտեմբերի 6-ին՝ այդպես էլ չտեսնելով իր հոգնատանջ աշխատանքի արդյունքը:
Հետագայում, Մակար Ա Կաթողիկոսի գահակալության առաջին շրջանում, վիճակը մնաց անփոփոխ: Պատճառը ճեմարանում կրոնագիտական և աստվածաբանական բարձրագույն կրթության անբավարար մակարդակն էր: Անհրաժեշտ էր ճեմարան հրավիրել որևէ հմուտ աստվածաբանի: Հայոց Հայրապետի ընտրությունը կանգ առավ Կարինի թեմի առաջնորդ, ականավոր աստվածաբան Մաղաքիա վարդապետ Օրմանյանի թեկնածության վրա: Նախապես պայմանավորվածություն կար, որ եպիսկոպոս օծվելու համար Օրմանյանը 1886 թ. հունիսին պետք է Ս․ Էջմիածին գար: Առիթն օգտագործելով՝ Վեհափառը որոշեց նրան ուսուցչության հրավիրել: Մաղաքիա վրդ․ Օրմանյանը սիրով ընդունեց հրավերը և 1887 թ. սեպտեմբերի 21-ին սկսեց դասախոսել ճեմարանում: Նա միաժամանակ բարձրագույն բաժնի երեք լսարաններում դասավանդել է աստվածաբանություն, բեմբասացություն, բացատրություն Ս. Գրոց, մեկնություն Ս. Գրոց: Օրմանյանը ճեմարանում դասավանդել է ընդամենը մեկ տարի, սակայն դա էլ բավական է եղել սաների մեջ եկեղեցասիրական շարժում բորբոքելու համար: Լսարանական բաժնի ուսանողներից մի քանիսն ուխտում են նվիրվել Հայաստանյայց Եկեղեցու ծառայության սուրբ գործին: Մաղաքիա վարդապետը ցարական կառավարության պահանջով 1888 թ. հուլիսի 19-ին ստիպված էր թողնել ուսուցչությունը և վերադառնալ Կ. Պոլիս: Այդուհանդերձ, նրա ջանքերն ապարդյուն չէին։
1889 թ. հունիսի 17-ին սարկավագության աստիճան ստացան ճեմարանի տեսուչ Արշակ Նահապետյանը և ճեմարանի շրջանավարտներ Կարապետ Տեր-Մկրտչյանը և Գևորգ Չորեքչյանը, երրորդ լսարանի ուսանող Գարեգին Հովսեփյանը: Եվ 1894 թ. սեպտեմբերի 14-ին, Ս. Գայանե վանքում, Մկրտիչ Ա Խրիմյանի ներկայությամբ ճեմարանի շրջանավարտներ Կոմիտաս, Բենիկ, Կարապետ, Հուսիկ, Տիրայր, Եզնիկ սարկավագները ձեռնադրվեցին կուսակրոն եկեղեցականներ: Ձեռնադրությունները շարունակվեցին կանոնավորապես և զգալի թվով ճեմարանականներ իրենց նվիրեցին Հայոց Եկեղեցու սպասավորության գործին:
Մակար Ա Թեղուտցի և Մկրտիչ Ա Խրիմյան Կաթողիկոսները հիմք դրեցին նաև մի շատ կարևոր գործի. ճեմարանավարտ կուսակրոն հոգևորականներից առավել աչքի ընկնողներն ուղարկվում էին Եվրոպա՝ մասնագիտական բարձրագույն կրթություն ստանալու: Ուսումնառությունն ավարտելուց հետո վերադառնում էին Ս․ Էջմիածին և սկսում ճեմարանում դասավանդել: 1898-1899 ուստարում ճեմարանում դասավանդող 19 ուսուցիչներից 13-ը եղել են ճեմարանի շրջանավարտներ: Ճեմարանի ղեկավարությունը ստանձնել են նրա նախկին սաները: Այդ սերնդի հսկողության ներքո է ընթացել Գևորգյան ճեմարանի հետագա գործունեությունը մինչև 1917 թ. կրթօջախի փակվելը:
Ճեմարանը երբեք սոսկ կրոնական ուսումնական հաստատություն չի եղել: Նրա շրջանավարտների մեծ մասը դարձավ մանկավարժ, մյուսներն ընտրեցին գիտությունը, մշակույթը, հասարակական-քաղաքական կյանքը և միայն փոքր մասը՝ հոգևոր ասպարեզը: Ճեմարանականների կրթադաստիարակչական առաքելությանը լծված էին ժամանակի լավագույն մանկավարժներն ու մասնագետները, ինչպիսիք էին Մ. Աբեղյանը, Վ. Աբովյանը, Հր. Աճառյանը, Գ. արք․ Այվազավսկին, Մ. Բերբերյանը, Լեոն, Հ. Մանանդյանը, Ք. Կարա-Մուրզան, Կ. Կոստանյանցը, Հովհ. Հովհաննիսյանը, Մ. Վրդ․ Օրմանյանը և շատ ուիշներ: Նրանց անդուլ, հետևողական աշխատանքի շնորհիվ էր, որ ԺԹ դարի վերջերին և Ի դարի սկզբներին Գևորգյան ճեմարանը դարձավ հայ մշակույթի և հայագիտության ամենաերևելի կենտրոնը, որտեղ ստեղծվել են բանասիրական, պատմագիտական, բնագիտական, աստվածաբանական բազում երկասիրություններ: Այդ ժամանակաշջանում Արևելյան Հայաստանի, Անդրկովկասի և Ռուսաստանի հայկական գաղթավայրերի հայկական դպրոցների ուսուցիչների մեծ մասը եղել են ճեմարանի շրջանավարտ: Ճեմարանավարտ բազում քահանաներ քաղաքներում և գյուղերում նոր շունչ և լիցք հաղորդեցին հայ ժողովրդի հոգևոր կյանքին: Ճեմարանի շրջանավարտ նշանավոր հոգևորականներից են Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գևորգ Զ Չորեքչյանը, Մեծի Տանն Կիլիկիո Կաթողիկոս Գարեգին Ա Հովսեփյանը, Ներսես արքեպիսկոպոս Մելիք-Թանգյանը, Տիրայր արքեպիսկոպոս Տեր-Հովհաննիսյանը, Բագրատ արքեպիսկոպոս Վարդազարյանը, Ռուբեն արքեպիսկոպոս Մանասյանը, Եզնիկ վարդապետ Գյանջեցյանը և ուրիշներ:
Այստեղ են սովորել գրողներ Ա. Աթայանը, Լեռ Կամսարը, Մ. Խերանյանը, Գ. Հայկունին, Կ. Մելիք-Շահնազարյանը, Վ. Միրաքյանը, Հ. Մկրտչյանը, Ար. Շահնազարյանը, Լ. Շանթը և այլք, գրականագետներ Ե. Մադաթյանը, Պ. Մակինցյանը, բանասերներ Մ. Աբեղյանը, Ռ. Աբրահամյանը, Խ. Կանայանը, Ս. Հարությունյանը, պատմաբաններ Ա. Աբեղյանը, Ա. Գ. Աբրահամյանը, Ա. Ակուլյանը, Բ. Խալաթյանը, Գ. Գյուզալյանը, Ա. Խաչատրյանը, Վ. Ռշտունին, երաժշտագետներ Ա. Բրուտյանը, Մ. Եկմալյանը, Կոմիտաս վարդապետը, Ս. Մելիքյանը, Ա. Շահմուրադյանը, Ա. Պատմագրյանը, Գ. Սյունին, Ռ. Տիգրանյանը, Խ. Փախչանյանը, ազգային-ազատագրական շարժման գործիչներ Կ. Գուլակսզյանը, Գ. Խաժակը, Ս. Կուկունյանը, Ա. Վռամյանը, Փարամազը, հասարակական-քաղաքական և պետական գործիչներ Ս. Աբովյանը, Ա. Գուլոյանը, Ա. Դարբինյանը, Վ. Խորենին, Ա. Ջամալյանը, Ս. Վրացյանը, Ռ. Տեր-Մինասյանը և շատ ուրիշներ:
Մեծ է Գևորգյան հոգևոր ճեմարանի սաների դերը նկարչության, թատրոնի, ճշգրիտ գիտությունների, ռազմական արվեստի և այլ բնագավառներում: Ճեմարանականները գործուն մասնակցություն են ունեցել հայ ժողովրդին հուզող հասարակական-քաղաքական իրադարձություններին՝ 1903 թ. հունիսի 12-ի ցարական կառավարության որոշման դեմ կազմակերպված ցույցերին և ելույթներին, ֆիդայական-հայդուկային շարժմանը, 1914-1915 թթ. կամավորական շարժմանը, 1918 թ. մայիսյան հերոսամարտին: 1918-1920 թթ. բազում ճեմարանականներ հայկական պետականության կերտման ակունքներում էին:
1917 թ. դեկտեմբերի 21-ին, քաղաքական ու ռազմական անբարենպաստ պայմանների հետևանքով, Գևորգ Ե Սուրենյանց Կաթողիկոսի որոշմամբ ճեմարանը դադարեցրել է պարապմունքները, իսկ շենքը տրամադրվել զինվորական հրամանատարությանը: Թեև 1919-1920 թթ. ընթացքում ճեմարանը վերաբացելու որոշ փորձեր եղել են, սակայն ապարդյուն: Այդուհանդերձ, ճեմարանի շրջանավարտներից շատերը, դասախոսական անձնակազմի զգալի մասը չափազանց կարևոր դեր են խաղացել Երևանի պետական համալսարանի ստեղծման գործում (մայիս 1919 թ.): Նրանք դարձան համալսարանի առաջին դասախոսները և շարունակեցին իրենց ընդհատված գիտամանկավարժական գործունեությունը, սակայն այլ ուղղվածությամբ և խնդիրներով: Ճեմարանի գրադարանի եզակի և հարուստ հավաքածուն (45․000 գիրք) տրամադրվեց Ազգային գրադարանին և Մատենադարանին:
Ճեմարանը վերաբացելու ուղղությամբ քայլեր ձեռնարկեց Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Խորեն Ա Մուրադբեկյանը, սակայն այն հնարավոր դարձավ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գևորգ Զ Չորեքչյանի հետևողական ջանքերի շնորհիվ: 1945 թ. ապրիլի 5-ին նա մի փաստաթուղթ ներկայացրեց ԽՍՀՄ ժողկոմխորհի նախագահ Ի. Ստալինին, որում բազում առաջարկությունների հետ մեկտեղ խնդրում էր. «Վերականգնել Ս. Էջմիածնի հոգևոր ճեմարանը՝ ուսուցման 6-ամյա ժամկետով: Ս. Էջմիածին վերադարձնել նախկին Հոգևոր ճեմարանի գրադարանը»: Շուտով ստացվեց ճեմարանի վերաբացման թույլտվությունը, և 1945 թ. նոյեմբերի 1-ին, հանդիսավոր պայմաններում այն սկսեց իր գործունեության երկրորդ շրջանը: Սակայն ճեմարանը լիարժեք գործեց միայն Վազգեն Ա Կաթողիկոսի օրոք: Վեհափառը ճեմարան հրավիրեց Երևանի բուհերի, Գիտությունների Ազգային Ակադեմիայի և Մատենադարանի մտավորական լավագույն ուժերին: Իսկ 1995 թ. Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գարեգին Ա Սարգիսյանը կարողացավ ճեմարանի պատմական շենքը որպես սեփականություն վերադարձնել Մայր Աթոռին։ 1997 թ. Վեհափառի կարգադրությամբ այն վերանվանվեց Գևորգյան հոգևոր ճեմարան:Գևորգյան ճեմարան վերազարթոնք ապրեց Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գարեգին Բ Ներսիսյանի օրոք: Կարևորելով հոգևոր բարձրագույն կրթության անհրաժեշտությունը՝ Նորին Սրբությունը հետևողական աշխատանք կատարեց ճեմարանը բարձրագույն ուսումնական հաստատություն դարձնելու ուղղությամբ: Նախ ընտրվեց բարձրակարգ դասախոսների մի խումբ, որը հաստատությունում նկատելիորեն բարելավեց ուսման որակն ու ծավալը: 2002 թ., բանակցելով ՀՀ կառավարության հետ, Հայոց Հայրապետը ճեմարանի համար ձեռք բերեց բարձրագույն ուսումնական հաստատության կարգավիճակ․ Գևորգյան ճեմարանը պետականորեն ճանաչվեց որպես աստվածաբանական համալսարան: Հայոց Կաթողիկոսի գլխավորությամբ մշակվեցին աստվածաբանական համալսարանի ուսումնական նոր ծրագրերն ու կանոնադրությունը, ընդունելության կարգը: 2006 թ. ՀՀ Կրթության և գիտության նախարարության կողմից ճեմարանը ստացավ բակալավրիատի ուսումնական ծրագրերին համապատասխան կրթություն իրականացնելու և աստվածաբանության բակալավրի հավատարմագրված դիպլոմ շնորհելու իրավունք, իսկ 2007 թ.՝ իրականացնելու կրթություն մագիստրոսական ծրագրերով և շնորհելու աստվածաբանության մագիստրոսի աստիճան:Նորին Սրբության ջանքերով 2016 թ. հոկտեմբերին, ՀՀ Կրթության և գիտության նախարարության կողմից տրված հատուկ արտոնագրով Գևորգյան հոգևոր ճեմարանը դարձավ Հայաստանի միակ կրթական հաստատությունը, որը կարող է շնորհել աստվածաբանության թեկնածուի աստիճան: 2018 թ. ճեմարանն ունեցավ իր առաջին ասպիրանտները:
1999-2011 թ. ճեմարանի տարածքում լայն շինարարական գործունեություն է ծավալվել: Հիմնովին վերանորոգվել է ճեմարանի պատմական շենքը, որն այժմ ծառայում է որպես ճեմարանի ուսումնական մասնաշենք: Ավարտին է հասցվել ճեմարանի ննջարանային մասնաշենքը, կառուցվել են հանդիսությունների նոր դահլիճը, մարզասրահը և Ս. Հրեշտակապետաց եկեղեցին, որտեղ ճեմարանականները մասնակցում են ծիսապաշտամունքին։