Սուրբ Էջմիածնի Մայր տաճարը կոչվել է Վաղարշապատի Ս. Կաթողիկե, իսկ Ավագ խորանը՝ Շողակաթ Ս. Աստվածածին:
Ագաթանգեղոսի վկայությամբ՝ կառուցվել է Ս. Գրիգոր Լուսավորչի տեսիլքով՝ արքունի ապարանքի մոտ: Համաձայն տեսիլքի՝ Մայր տաճարի ներսում՝ գմբեթի տակ, հիմնադրվել է Իջման Ս. Սեղանը (վերակառուցվել է 1961 թ.՝ ճարտարապետներ Ա. Գալիկյանի նախագծով ու Ռ. Իսրայելյանի քանդակազարդման էսքիզներով): Ըստ ազգային ավանդության՝ համաշխարհային ջրհեղեղից հետո Նոյ նահապետն այդտեղ է սեղան կանգնեցրել և գոհունակության պատարագ մատուցել:
Տարբեր տեսակետների համաձայն՝ Մայր տաճարի ճարտարապետական հորինվածքը եղել է եռանավ բազիլիկ՝ ուղղանկյուն, քառամույթ գմբեթավոր, Ս. Խաչի վրա կանգնած քառասյուն ամպհովանու տեսքով, թաղածածկ դահլիճ. ի սկզբանե կառուցվել է ներկայիս հորինվածքով:
Ըստ Ղազար Փարպեցու՝ Հովհաննես Ա Մանդակունի կաթողիկոսի օրոք, Վահան Մամիկոնյանի մեկենասությամբ, 483–484 թթ. հիմնովին վերակառուցել է Մայր տաճարը, որից հետո այն ստացել է հատակագծային ու ծավալատարածական իր այժմյան հիմնական տեսքը:
Մայր տաճարի՝ խաչաձև-կենտրոնագմբեթ, քառամույթ, քառախորան հայկական եկեղեցական այս հորինվածքը մեծ ավանդն է համաշխարհային քրիստոնեական ճարտարապետությանը: Ճարտարապետական այս հորինվածքը 9–11-րդ դդ. տարածվել է նաև Եվրոպայում:
Մայր տաճարն զգալի վնասվել է արաբների, սելջուկ-թուրքերի և մոնղոլ-թաթարների արշավանքներից: Տաճարի Էջմիածին (իջավ Միածինը) անունն առաջին անգամ գործածել է 13-րդ դարի պատմիչ, Սյունյաց մետրոպոլիտ Ստեփանոս արք. Օրբելյանը:
17-րդ դարասկզբին Պարսից շահ Աբաս Ա-ն սկզբնապես որոշել է քանդել Մայր տաճարը: Բարեբախտաբար այս չարամիտ նպատակը խոջա Նազարի ջանքերով կանխվել է, սակայն հետագայում՝ 1614 թ., Մայր տաճարից հանգուցային տեղերից հանվեց 15 քար, որոնք տեղափոխվեցին Պարսկաստան, որպեսզի Սպահանի մոտ Մայր տաճարի նմանողությամբ նոր տաճար կառուցվի, որպեսզի հայրենիքից տեղահանված հազարավոր հայերի «սրտերը կարոտ քաշելով չճմլվեն»: Հիշյալ ժամանակաշրջանում Մայր տաճարի ծածկը և գմբեթը քանդված են եղել, պատերի բազմաթիվ քարեր՝ թափված, հիմքերը՝ վնասված, տաճարը՝ կողոպտված:
Կառույցի ներկայիս գմբեթը թվագրվում է 17-րդ դարով, որի թմբուկի 12 նիստերին մեդալիոնների ձևով քանդակված են առաքյալների դիմապատկերները (ճարտարապետության դոկտոր Ա. Ղազարյանի համոզմամբ՝ նշված քանդակները թվագրվում են ավելի վաղ), որոնց հարևանությամբ նաև համառոտ հիշատակագրություններ են պահպանվել: Ըստ ամենայնի՝ հիշատակված են վարպետների և մեկենասների անունները:
1950-ականների պեղումների ընթացքում բացվել են 4-րդ դարի գմբեթակիր մույթերի խաչաձև խարիսխները, Ավագ խորանի տակ՝ Վանի թագավորության ժամանակաշրջանի կոթող (ներկայումս կանգնեցված է բակում՝ զանգակատան դիմաց) և նախնական խորանը՝ կենտրոնում թոնրաձև կրակարանով:
Մինչ օրս կատարված բարենորոգչական աշխատանքներից առանձնացնենք հետևյալները.
4-րդ դարի երկրորդ կեսին պարսից Շապուհ Բ-ի արշավանքներից մեծապես վնասված Մայր տաճարը վերակառուցվել է Ս. Ներսես Ա Մեծ կաթողիկոսի օրոք՝ 353–373 թթ.: Աշխատանքներ են իրականացվել նաև Ս. Սահակ Ա Պարթևի օրոք՝ 387–428 թթ., իսկ 483–484 թթ. վերակառուցել է մարզպան Վահան Մամիկոնյանը՝ ճարտարապետական նոր լուծումներով և նման այսօրվա կառույցին: 615–628 թթ.՝ Կոմիտաս Ա Աղձեցու օրոք, տաճարի փայտածածկը փոխարինվել է քարով, ապա նորոգվել Ներսես Գ Տայեցի կաթողիկոսի օրոք՝ 641–661 թթ.: Տևական դադարից հետո՝ 1441–1465 թթ., նորոգչական աշխատանքներ են տարվել Կիրակոս Ա Վիրապեցի և Գրիգոր Ժ Ջալալբեկյանց կաթողիկոսների օրոք: 1629–1632 թթ. «ի հիմանց» նորոգվել և նոր շինություններով է համալրվել Մովսես Գ Տաթևացի կաթողիկոսի օրոք: 1632–1655 թթ.՝ Փիլիպոս Ա Աղբակեցի կաթողիկոսի օրոք, վերակառուցվել է տաճարի քարե տանիքը. սկսվել են եռահարկ զանգակատան կառուցման աշխատանքները: 1657–1658 թթ.՝ Հակոբ Դ Ջուղայեցի կաթողիկոսի օրոք, ավարտվել է զանգակատան կառուցումը: 1681–1691 թթ. Եղիազար Ա Այնթապեցի կաթողիկոսը երեք խորանի վրա կառուցել է զանգակատուն-գմբեթներ և մարմարապատել տաճարի հատակը: 1720 թ., Աստվածատուր Ա Համադանցի (1715–1725 թթ.) կաթողիկոսի կարգադրությամբ, Նաղաշ Հովնաթանն սկսել է տաճարի նկարազարդումը: 1726–1729 թթ.՝ Կարապետ Բ Ուլնեցի կաթողիկոսի օրոք, իրականացվել է բեմառէջքի 15 սրբապատկերների շարքը: 1770 թ. Սիմեոն Ա Երևանցի կաթողիկոսը վերակառուցվել է տաճարի քարե տանիքը, իսկ Ղուկաս Ա Կարնեցի կաթողիկոսը 1789 թ. ամրացրել է տաճարի հիմքը: 1804–1813 թթ.՝ ռուս-պարսկական պատերազմի տարիներին, եկեղեցին գտնվել է անտեսված և ավերված վիճակում: 1837 թ.՝ Հովհաննես Ը Կարբեցի (1831–1842 թթ.) կաթողիկոսի օրոք, Ռուսաստանի Նիկոլայ Ա թագավորի այցի կապակցությամբ, նորոգչական փոքրածավալ աշխատանքներ են կատարվել: 1888 թ.՝ Մակար Ա Թեղուտցի (1885–1891 թթ.) կաթողիկոսի օրոք, նորացվել է տաճարի ներսույթը: 1914 թ.՝ Գևորգ Ե Սուրենյանց (1911–1930 թթ.) կաթողիկոսի օրոք, կրկին վերանորոգվել են տաճարի ներսը, զանգակատունն ու հարավային խորանը: 1945–1954 թթ.՝ Գևորգ Զ Չորեքչյան կաթողիկոսի օրոք, տաճարը վերանորոգվել և թարմացվել է: 1955–1959 թթ.՝ Վազգեն Ա Պալճյան կաթողիկոսի (1955–1994 թթ.) օրոք, կատարվել են վերականգնման աշխատանքներ, հնագիտական պեղումներ Ավագ խորանի տակ, 1981–1982 թթ. նորոգվել-վերականգնվել են որմնանկարները, և նորովի հարդարվել թանգարանային հատվածը: 2001–2008 թթ.՝ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գարեգին Բ-ի օրոք, ամերիկահայ հայտնի բարերարներ Ռիչարդ և Լուիզ Մանուկյանների բարերարությամբ իրականացվել են տանիքածածկերի, ներքնամասի որմնանկարների ամբողջական թարմացում, աղոթասրահի հատակի, որմնախարիսխների, թանգարանային հատվածի, Իջման Ս. Սեղանի և կաթողիկոսների շիրմաքարերի ստորին քայքայված հատվածների վերանորոգում: 2012 թվականից մինչ օրս իրականացվում են համալիր և հիմնարար նորոգչական աշխատանքներ, որոնք նախատեսվում են ավարտին հասցնել 2024 թվականին։